В 1871 году Марк Антокольский за статую «Царь Иоанн Васильевич Грозный», выполненную в гипсе, был удостоен звания академика. По гипсовой модели был создан мраморный экземпляр по заказу самого Павел Михайлович Третьякова, который и хранится в галерее.
Когда началась Великая Отечественная война, руководством Третьяковской галереи было принято решение об эвакуации художественных ценностей. Большая часть собрания была вывезена в Новосибирск. Меньшая часть коллекции — 2294 произведения, упакованные в 41 ящик, — 16 августа 1941 года была отправлена водным путем в город Молотов (ныне Пермь). Среди этих произведений находилась и мраморная скульптура «Царь Иоанн Васильевич Грозный» работы Марка Антокольского.
В ночь на 12 августа на Третьяковскую галерею упали две фугасные бомбы, в результате чего было сильно повреждено основное здание. Однако экспонаты, оставшиеся в галерее, чудом уцелели. Научный сотрудник Елена Федоровна Каменская вспоминала: «Ни одно художественное произведение не пострадало. В нижнем зале, почти под бомбой, выстоял “Иван Грозный” Антокольского. Голова, руки и плечи грозного царя покрылись шапками пыли, но он сохранил свой сумрачный и величественный вид». После этого происшествия работы по эвакуации ускорились. 16 августа в эвакуацию уехали еще две тысячи художественных произведений, среди которых была скульптура Ивана Грозного. На барже ящики с экспонатами отправились в далекий Молотов (ныне Пермь), чтобы пережить там тяжелые годы войны. Транспортировка скульптуры стала настоящим испытанием для сотрудников. Сопровождали бесценный груз два сотрудника музея — М.М. Колпакчи и И.В. Овчинников. Баржа с экспонатами прибыла в Молотов 14 сентября 1941 года. Первоначально местное руководство отказывалось принимать ценный груз и рекомендовало плыть дальше в Соликамск. После долгих согласований с Комитетом по делам искусств удалось получить разрешение разместить ящики Третьяковской галереи и Русского музея в здании Пермской художественной галереи, располагавшейся в бывшем Спасо-Преображенском кафедральном соборе.
Однако возникла еще одна серьезная проблема — тяжелая мраморная скульптура Антокольского не могла быть перемещена с берега без специальной техники и достаточного количества рабочих рук.
Из воспоминаний Марии Модестовны Колпакчи: «Нет машин и людей для перевозки “Ивана Грозного”. Пять дней стоял он, одинокий, на берегу, охраняемый И.В. Овчинниковым и старцем с длинной рыжей бородой (он согласился дежурить за хлеб, который мы отдавали ему от себя). Наконец, есть машина и пятнадцать малосильных людей. Могучая сила шофера водрузила ящик на машину и помогла установить его в помещение музея».
После окончания войны началась реэвакуация художественных ценностей. Из Перми шедевры Третьяковской галереи уезжали по железной дороге. Всеми работами по реэвакуации руководила Мария Модестовна Колпакчи. Она составила детальный план, рассчитав и предусмотрев все возможные трудности. Для Третьяковской галереи было выделено два пульмановских вагона, в которые загрузили 41 ящик, включая и тяжеловесную скульптуру Антокольского.
Так сумрачный и величественный Грозный царь благополучно вернулся в стены Третьяковской галереи, пережив, как и вся страна, тяжелые испытания военного времени.